In ongeveer 80% van de huilbaby's gaan de houdings- en stresskenmerken samen met reflux en/of buikkrampen. Veel voorkomende associaties zijn: spugen met huilen, buikkrampen met huilen, buikkrampen met spugen en huilen.
Als de baby begint met drinken, dan hoor je vaak rommelende en borrelende geluiden in de buik of komen er windjes vrij, ten teken dat de darmen op gang komen. Daarnaast hebben de meeste baby's af en toe wel eens last van krampen of gaan ze huilen en hevig persen als er een vieze luier moet komen. Dat is allemaal vrij normaal.
Huilbaby's, echter, kunnen last hebben van overmatig veel buikkrampen of van obstipatie (harde ontlasting). Ook zonder obstipatie moeten ze vaak heel hard werken voor een volle luier. Soms liggen ze wel 20 minuten te persen, waarbij ze een rood hoofd krijgen en gaan huilen, waarna er wel of geen ontlasting komt. Dat staat bekend als dyschezia. De oorzaak is onvoldoende coordinatie tussen het aanspannen van de buikspieren en het gelijktijdig ontspannen van de spieren van de bekkenbodem. Dit kan wijzen op ontregeling van zenuwkernen in de hersenstam.